Skype — бесплатная, но закрытая программа. После покупки Microsoft-ом Skype стали ревностно относиться к альтернативным клиентам и к вольному использованию своей программы. В какой-то момент была даже ограничена возможность запускать несколько копий приложения с разными учетными записями.

По какой то причине этот функционал всё же вернули, так что запускать несколько копий программы теперь можно, создав специальный ярлык с ключом /secondary:

Источник http://www.code-inside.com/zapuskaem-dve-kopii-skype-s-raznyimi-uchetnyimi-zapisyami/#more-1065